De waterverontreinigingsheffing heeft een aandeel van 26 procent in de totale opbrengst uit de milieuheffingen. De inkomsten uit de waterverontreinigingsheffing zijn ten opzichte van 2001 relatief weinig toegenomen: van 1,0 naar 1,4 miljard euro. In 2022 nam de opbrengst met 2% toe.